Fakultas Pertanian Unika St.Thomas Terdiri dari 3 program studi yaitu : Program studi Teknologi Hasil Pertanian, Program studi Agroteknologi, dan Program studi Agribisnis. Organisasi ditingkat Fakultas adalah Dekan, Senat Fakultas, Unit Penjaminan Mutu, Tim penjaminan mutu, wakil dekan, KA.Prodi dan juga KA.Laboratorium dan dilengkapi oleh Kepala Tatausaha dan Pegawai. Para dosen pengampu matakuliah seluruhnya minimal kualifikasi S2 (Magister) dan hingga pada saat ini beberapa dosen sedang mengikuti kuliah S3 (Doktor)
Fakultas pertanian kini fokus pada program pengembangan Laboratorium untuk meningkatkan kualitas Praktikum dan Penelitian Dosen dan Mahasiswa. Fakultas Pertanian dilengkapi dengan berbagai Laboratorium meliputi, Laboratorium Teknologi Hasil Pertanian, laboratorium Instrumentasi, laboratorium Mikrobiologi dan bioproses, Laboratorium Kimia dan biokimia pada Program Studi Teknologi Hasil Pertanian. Program studi Agroteknologi dilengkapi dengan laboatorium biologi, Laboratorium Tanah, Laboratorium Fisiologi Tumbuhan, laboratorium Agroekologi. Program studi Agribisnis dilengkapi dengan Laboratorium Penyuluhan dan komunikasi dan juga laboratorium Agribisnis Pengolahan data. Tracer Study dilaksanakan pada tahun 2016 Alumni Fakultas pertanian bekerja pada berbagai bidang usaha antara lain:Pegawai Negri Sipil (PNS), Perbankan, Perkebunan Negara (PTPN), Perkebunan Swasta, Staff Pengajar, Wiraswastawan dan bidang usaha lainnya. Saat ini Fakultas Pertanian sedang merevisi Kurikulum Berbasis KKNI untuk menampung kebutuhan Stakeholder dan pasar tenaga kerja. Untuk mendukung proses belajar mengajar dan tridarma lainnya dalam proses kaderisasi saat ini sedang diadakan rekruitment dosen baru.